TL:DR Разработчики очень хотели сделать свой собственный классический Fallout, он у них и получился. Минусом данного подхода является то, что в игру перекочевали и проблемы Фаллаута. Игры не стоят на месте, а то, что раньше считалось нормально, теперь является устаревшим геймдизайном.

[-] Вариативность.
Это явный минус игры и как пример приведу один квест.
Однажды мне встретился товарищ, зарабатывавший демонстрацией мумии Ленина. Очевидно это был мошенник и его требовалось как-то разоблачить.
Есть возможность осмотреть мумию и даже залезть к ней в карман при наличии подходящего навыка.
Ага! У меня же есть будильник в инвентаре. Сейчас заведу его и подложу в карман лже-мумии, чтобы она проснулась. Но будильник использовать было нельзя - это просто мусор для крафта.
Ладно, сейчас осмотрю мумию и найду что-то интересное - у меня же прокачана Внимательность. Но нет, ничего подходяшего в диалоговых опциях.
Окей, у меня максимальная Ловкость, я прошмыгну мимо мошенника и пощекочу "мумию", чтобы она чихнула. Но и такого варианта нет!
В ступоре я полез в гугл за подсказками. Оказывается ЕДИНСТВЕННЫЙ вариант решения квеста - это ВЗЛОМАТЬ дверь к мошенникам ночью и застукать их с поличным.
В итоге практически любое действие в игре решается несколькими способами:
1. Скиллчек в диалоге
2. Сражение

[-] Прокачка
Продолжение прошлого пункта.
В игре очень много ненужных навыков.
Практически все скиллчеки идут на Общение/Силу (то есть Убедить или Запугать). Да и то, убеждение происходит в формате "Ваш персонаж рассказывает NPC о вреде наркотиков. Тот плачет и отдает вам свои деньги".
Остальные скиллчеки (особенно на вторичные характеристики) представлены значительно скудно.
Возможно поэтому здесь очень ярко выделяется один из квестов, где через скиллчеки можно перебить целую толпу бандитов (а ля "Подозвать к себе главаря бандитов", "Выхватить у него оружие и закрыться противником как щитом" и т.д).

Навыки нельзя применять сами по себе. Только в подходящих диалогах.
Даже в Fallout условная первая помощь позволяла подхилить персонажей без расходников.
Я долго пытался понять на какую кнопку активируется Скрытность, но оказалось, что это пассивный навык и персонажи просто не реагируют взлом замков на определенном расстоянии.

[-] Глобальная карта.
Удивительно как получилось сделать ее менее функциональной, чем в игре 20 летней давности.
Названия подписаны только у крупных локаций, а выбрать их можно только проскроллив саму карту из угла в угол (масштаб практически не изменяется).
В том же Fallout был список локаций текстом и пользоваться им было максимально удобно. В Атоме крайне тяжело что-то найти на карте.

Навык Выживание в игре буквально нужен только для того чтобы избавиться от раздражающих случайных событий с боевыми столкновениями.
При этом если воспользоваться убеждением или выживанием, то за энкаунтер не получишь ничего. А сражение принесет много опыта и лут.

В то же время в игре присутствует необходимость целенаправленно искать случайные встречи, чтобы выполнить там квест. Это очень спорное решение, не несущее никакого геймплейного смысла. Ничего не мешало разместить важные квестовые события на фикированных местах.

[+-] Экономика.
В игре очень мало торговцев. Их ассортимент очень скудный, обновляется редко, а наличных денег у них практически нет.
Это, конечно, очень лорно, но из-за этого становится ненужным лутинг врагов и охота в пустошах. Доходит до того, что броню стоимостью 3000 начинаешь обменивать на пачку патронов за 300, потому что альтернатив нет.
Кроме того, такой подход полностью обесценивает навык Бартер.
В то же время в игре существует необходимость несколько раз заплатить по квесту внушительную сумму денег. И квестодателю нельзя сгрузить бартером свой мусор, они хотят именно хрустящую наличку.

[-] Мини-игры
Если хотелось их сделать - стоило делать полноценными, либо не делать вовсе.
В игре есть навык Азартные игры, но он не несет никакого смысла. Играют единицы NPC, денег много у них не выиграть. На сюжет влияния не оказывает. Опять же это минус к вариативности.
Если бы была возможность, допустим, выиграть в карты броню у торговца или сыграть с охранником в кости, чтобы он пропустил куда-то - игра заиграла бы новыми красками.

[-] Крафт
Еще один невнятный игровой элемент, как будто добавленный для галочки.
Оружие и броня не ломаются, их не надо чинить или заменять. Ремеслом можно только создавать новые предметы и расходники.
Некоторые предметы (точнее, улучшенные версии обычного оружия) уникальны для крафта. Но разница не настолько существенна, чтобы таскать за собой тонны мусора, забивая инвентарь.
На рецепты нет квестов. Они просто попадаются рандомно у торговцев (при этом бОльшую часть можно просто купить у торговца книгами).


[-] Боевая система
Отсутствие возможности нормально контролировать спутников в бою приводит точно к тому же результату, что в Fallout - по 2-4 загрузки в КАЖДОМ бою, даже самом простом, из-за шальных пуль.

Я наивно начал прокачку Холодного оружия, решив, что в игре будет дефицит патронов и не особо сильное оружие.
На начальном этапе так и было. Противники стреляли пару раз с самопала и переходили на атаки ножами/топорами.
Но в какой-то момент игра развернулась коренным образом. Пачки обычных бандитов стали вооружены СВД и РПК.
Пока я тратил пару ходов чтобы просто подойти вплотную к врагу (и нанести ему 20-30 урона), в меня просто издалека выпускали очередь, нанося разово урон выше моего максимального здоровья без стимуляторов.

[+-] Спутники
Практически не раскрыты. Их очень мало. Иногда они вставляют свои реплики в разговор, но это не влияет вообще ни на что. У них нет личных квестов, мы не можем раскрыть их потаенные секреты. Нам не дадут возможность получить для них уникальное снаряжение.
При этом персонажи потенциально могли бы получиться весьма яркими.

Неприятным минусом является то, что предметы, находящиеся в инвентаре спутников, не учитываются в диалогах.
Например, если осмотреть яму, будет опция спрыгнуть в нее (и получить урон при падении). Но только при наличии в инвентаре веревки появится опция "спуститься по веревке".
Этот пример очевидный, но иногда догадаться, что кому-то понадобится какой-то предмет не очень просто.

[-] Отдых, голод и прочий выживач
Это совершенно бессмысленный атавизм.
Отдых применяется в ситуации, когда персонажи побиты и не готовы к драке. Фейл отдыха с нападением во время сна вызывает только фрустрацию и нажатие кнопки загрузки.
Голод не несет никакого функционала за исключением необходимости таскать за собой кучу мусора в инвентаре, чтобы перекусывать пока ходишь между локациями.

[+-] Сеттинг, сюжет и квесты
Реалистичный сеттинг положительно сказывается на погружении в игру. Не требуется привыкать к местному пантеону богов, мироустройству и т.д. Окружение, менталитет и т.д - всё максимально знакомо любому русскоязычному человеку.

Но избыточная клюквенность не идет игре на пользу.
Допустим, с нами вступает в конфронтацию троица бандитов с портретами Никулина, Вицына и Моргунова. Как предполагалось, что у меня рука поднимется по ним стрелять?

Отдельный минус хочется поставить за квесты типа "Собери 30 мухоморов", "Принеси 300 макулатуры", "Принеси 30 зубов волков" и подобные.
Из-за них, во-первых, инвентарь персонажа оказывается постоянно забит мусором, а, во-вторых, такие задания не вносят геймплейного разнообразия и заставляют заниматься фармом случайных встреч.

Еще один минус за то, что квестовые предметы никак не отделены от обычных и их зачем-то можно продать. Я пропустил одну ачивку банально из-за того, что продал предметы, которые надо было отдать ближе к концу игры. На них, если что, была надпись, что их можно продать за хорошую цену.

Я указал огромное количество минусов и, честно говоря, неправильно рекомендовать Атом к прохождению всем подряд.
Но я люблю Fallout, а Fallout в советском сеттинге всегда был мечтой многих поклонников игры.
Лично я прошел Атом с удовольствием, несмотря на все недостатки.