Сообщение верну. Я там переделывал все, и в итоге оставил только сообщения об ошибках, а остальные забыл вернуть.

Флагштоки работают. Те настройки, которые на панели ZONES -> TERRITORY FLAG ZONES - общие для всех флагштоков на сервере. По умолчанию там все выключено. Чтобы включить нужно расписание активности выставить.

• Days: вписать номера дней, по которым зоны должны быть активны, например 12345 - по будням. Порядок цифр не имеет значения, и лишние буквы-знаки тоже, можно написать хоть так: Пн-1,Вт:2 3 это пятница,а 5-средахаха - мод читает из этой строки только цифры от 1 до 7, остальное игнорирует.
  
• StartHour, EndHour: с какого и до какого часа в течение суток зона будет активна (если сегодняшний день недели включен в строку Days). Например, StartHour: 0, EndHour: 24 - круглосуточно, 18-23 - только с 6 до 11 вечера.

Также отображение границы зоны (Show border on map) и название (Show name on map) тоже выключены по умолчанию.
Галочка Active only when the flag is raised - хитрая штука. По умолчанию оно ВКЛ (вроде бы).

• Когда включено, зона активна только если флаг поднят (высота поднятия не имеет значения), как только флаг опустится - зона выключится.
  
• Когда выключено, зона будет активна все время, пока флагшток вообще существует на сервере. Но для этого придется сервер перезагрузить, чтобы PVEZ привязал зоны к флагам, которые уже установлены. К новым он уже сам привяжет, как только они будут построены.

Сделать PVP зону внутри PVE зоны нельзя. Я такой хитрой системы не делал, не видел смысла. Я рассуждал так:
PVEZ нужен для того, чтобы выделить PVP территорию, например, вот PVP зона. Все, что вне ее - оно, естественно, уже не PVP, значит PVE. Надо ли делать PVE зоны? А смысл? Будет PVP зона, а здесь PVE зона, а все остальное тогда что?
Сейчас люди стали часто такие сценарии описывать, типа торговец - PVE, но он внутри большой PVP зоны, или вот твой вариант - база в PVE зоне, как бы так сделать, чтобы у флага было PVP.
Может когда-нибудь заморочусь. А пока, решайте что в основном на карте - PVP или PVE, и что будут выделять зоны - PVE или PVP, и выставляйте режим Mode соответствующий.