セカンドインパクトとして知られる世界的な大変動から15年後の2015年、ティーンエイジャーの碇シンジは、疎遠になった父碇ゲンドウによって、未来都市第3東京に召喚された。シンジは、国連軍が、死海文書によって目覚めが予言された巨大な怪物種族の 1 つである天使と戦っているのを目撃します。天使のほぼ不可侵の力場のために、ネルフの巨大なエヴァンゲリオン バイオ マシンは、パイロットの神経系に同期し、独自の力場を所有しており、天使が人類を全滅させないようにすることができる唯一の武器です。ネルフ将校の葛城ミサトはシンジを街の下のネルフ複合施設に護衛し、そこで父親はシンジにエヴァンゲリオンユニット-01を操縦してエンジェルに対して操縦するよう圧力をかけた.訓練なしで、シンジは戦いですぐに圧倒され、エヴァンゲリオンは凶暴になり、天使を野蛮に殺します.

入院後、シンジはミサトと一緒に引っ越し、東京-3での生活に落ち着きます. 2回目の戦いで、シンジは天使を破壊するが、取り乱して逃げる.ミサトはシンジと対峙し、シンジはパイロットであり続けることを決意する.ネルフの乗組員とシンジは、世界を破壊する世界的な大変動であるサードインパクトを防ぐために、残りの14人の天使と戦い、打ち負かさなければなりません.エヴァンゲリオン零号機はその後まもなく修理されます。シンジは、そのパイロットである謎の、社会的に孤立した10代の少女綾波レイと友達になろうとします。レイの助けを借りて、シンジは別の天使を倒す.その後、エヴァンゲリオン初号機のパイロットである、多才でありながら耐え難いティーンエイジャーである惣流・アスカ・ラングレーが合流します。一緒に、3人はなんとかいくつかの天使を倒すことができました.シンジがパイロットとしての新しい役割に順応するにつれて、彼は徐々に自信と自信を深めていきます.明日香はシンジと一緒に移動し、彼女の挑発にキスをして、お互いに複雑な感情を抱き始めます.天使に吸収されたシンジは、エヴァの単独行動により自由を手に入れる。彼は後に感染したエヴァンゲリオンユニット-03と戦うことを余儀なくされ、そのパイロットである彼の友人でクラスメートの鈴原トウジが無力になり、永久に身体障害者になるのを見る.あすかは敗戦で自信を失い、うつ状態に陥る。これは、彼女の心を攻撃し、彼女に最悪の恐怖と子供時代のトラウマを追体験させ、精神的な崩壊をもたらす天使との次の戦いによって悪化します.次の戦いで、レイは零号機を自爆し、シンジの命を救うために死ぬ.ミサトとシンジは病院を訪れ、レイが生きているのを発見したが、彼女は「3番目のレイ」であると主張している.ミサトは科学者の赤木律子に、ネルフ、エヴァンゲリオンの墓場、そしてシンジの母親碇ユイのDNAで自分自身が作成されたレイのクローンを使用して動作するダミープラグシステムの暗い秘密を明らかにするように強制します.この一連の出来事により、シンジは感情的に傷つき、残りのキャラクターから疎外されたままになります.渚カヲルは、ユニット-02のパイロットとして緊張病のアスカに取って代わります.最初はシンジと友達になり、彼の信頼を得るカヲルは、実は最後の予言の天使、タブリスです.カヲルはシンジと戦い、人類が生き残るためには死ななければならないことに気づき、シンジ?