O filme começa in medias res, apresentando Nascimento saindo do Hospital Beneditino. Seus passos estão sendo observados por um grupo de homens que se comunica através de rádio transmissores. Enquanto dirige seu carro, ele é abordado por um outro veículo, do qual saem homens armados que começam a alvejar o automóvel. Enquanto ocorre o atentado, Nascimento, como narrador, diz que, embora possa ser considerado "um clichê de filme americano", chegar perto da morte o faz recordar o que havia ocorrido para que chegasse até aquele ponto.

Um flashback narra os acontecimentos de quatro anos antes, quando uma divisão do BOPE comandada por Nascimento e André Mathias se envolve no controle de uma rebelião no presídio Bangu I. Durante a rebelião, Beirada, o líder do Comando Vermelho, com a conivência dos agentes responsáveis pela segurança da unidade penal, foi capaz de dominar o presídio e assassinar seus adversários da A.D.A. Com a situação em escalada, o professor de história Diogo Fraga é chamado ao presídio. Membro de uma ONG dedicada à defesa dos Direitos Humanos, Fraga é chamado numa tentativa de negociar o fim da rebelião. O ativista sucede em negociar a libertação dos reféns, mas Mathias se precipita e, descumprindo uma ordem de Nascimento, ingressa na área controlada por Beirada, o que faz com que Fraga seja tomado como refém. Após Beirada ser convencido a libertar Fraga, Mathias atira contra o criminoso, matando-o.

As consequências da ação de Mathias, tanto para ele quanto para Nascimento, são o fio condutor do filme: Mathias é usado como bode expiatório e é afastado do BOPE, não da PMERJ - ele passa a integrar o batalhão do amigo Fábio, agora tenente-coronel. Já Nascimento, visto como herói pela população, é nomeado para o cargo de Subsecretário de Inteligência da Secretaria Estadual de Segurança Pública do Rio de Janeiro. Fraga, que havia tornado-se marido de Rosane, ex-esposa de Nascimento, elege-se deputado estadual. Rafael, filho de Rosane e Nascimento, distancia-se cada vez mais do pai por influência de Fraga.

Uma vez na Secretaria, Nascimento é capaz de articular uma completa reestruturação do BOPE, aumentando seu efetivo e modernizando seus equipamentos. Essa reestruturação o auxilia no combate ao tráfico de entorpecentes, e, com o passar do tempo, a Secretaria é capaz de encerrar as atividades de traficantes na maior parte das favelas da Zona Oeste do Rio de Janeiro. Desbaratar o crime organizado, ao contrário do que Nascimento planejara, não contribuiu para a diminuição da corrupção, mas fez surgir uma nova organização criminosa, as "milícias". No filme, é retratada a ascensão de um policial militar corrupto, Rocha, major do batalhão de Fábio. Rocha percebe que, ao eliminar a figura do traficante, ele não estaria deixando de obter a propina que vinha recebendo, mas sim poderia passar a controlar diretamente a comunidade, eliminando assim o intermediário e tendo lucros maiores. Assim, ele e seu grupo passam a comandar uma comunidade, não sem coagir o já corrupto Fábio a cooptar com eles.

Com o crescimento das milícias, o deputado Fraga passou também a defender a criação de uma CPI, porém não obteve o apoio do presidente da ALERJ e do deputado Fortunato. Comprar o apoio das lideranças das comunidades significaria a criação de verdadeiros currais eleitorais. Ciente disso e visando se beneficiar politicamente das regiões controladas pelas milícias nas próximas eleições, o Governador do Rio de Janeiro se associa ao deputado estadual Fortunato (que também é popular âncora de programa policial), ao Secretário de Segurança Pública Guaracy e ao Major Rocha para forjarem uma situação que justificasse a invasão do bairro Tanque, uma comunidade que representaria relevante acréscimo na quantidade de eleitores. Membros da milícia invadem a delegacia da comunidade e saqueiam a reserva de armamentos da mesma.

Em seu programa de televisão, Mira Geral, Fortunato polemiza o ocorrido, atribuindo aos traficantes em atuação na comunidade a responsabilidade e exigindo providências do Governador do Estado, que assim ordena à Nascimento e à Secretaria de Segurança que planejem uma operação para invadir a comunidade, expulsar os traficantes e encontrar as armas. Nascimento se opõe à operação, por não ter encontrado, dentre as escutas telefônicas instaladas na comunidade, nenhuma prova de que as armas estariam lá, mas é voto vencido frente à afirmação do Coronel Fábio de que um informante de seu Comando já teria imputado a autoria dos crimes aos traficantes da comunidade.

Mathias, reintegrado ao BOPE por sugestão do Major Rocha e por influência do deputado Fortunato, é escolhido para ser o líder de campo da operação, que é bem-sucedida em eliminar a maior parte dos traficantes da área. As armas, entretanto, não são encontradas, com o líder dos traficantes negando ter sido o responsável pelo roubo, mesmo após ser torturado. Após Rocha matar o traficante para interromper o interrogatório, Mathias questiona Fábio sobre a procedência da denúncia e exige uma explicação, mas acaba logo assassinado pelos homens de Rocha.

Rocha e sua milícia se infiltram discretamente em uma casa do bairro. São observados pela jornalista Clara, do jornal Na Hora. Ela e seu fotógrafo acessam o local e descobrem material de campanha eleitoral do governador e seus aliados. Enquanto revela por telefone sua descoberta ao deputado Fraga, os milicianos surpreendem os repórteres e então os torturam, matam e vilipendiam-lhes os cadáveres. Entretanto, o áudio da conversa foi gravado pelo órgão de Nascimento - para investigar a morte de André, Nascimento passara a monitorar as ligações telefônicas de Fraga, após saber casualmente em reencontro com o filho Rafael que o deputado investigava as milícias. Ao ouvir a conversa de Fraga com a jornalista, Nascimento conclui que a Segurança Pública do Estado do Rio de Janeiro está nas mãos de bandidos e deduz que o deputado pode tornar-se alvo da milícia.

Fraga, como testemunha da conversa incriminadora, sofre uma tentativa de homicídio antes que Nascimento consiga alertá-lo. No atentado, quem acaba baleado é Rafael, o filho de Nascimento (e enteado de Fraga), que estava no veículo com o padrasto e a mãe. O garoto é internado no Hospital Beneditino e ali Nascimento entrega o áudio a Fraga, que o divulga à imprensa. Apesar do costume da ALERJ em não criar CPIs em anos eleitorais, ela se vê sem alternativa perante o escândalo. É criada a CPI sobre as milícias, mas o Governo do Estado afirma que o áudio foi obtido de forma ilegal pelo coronel Nascimento no intuito de espionar sua ex-mulher, esposa de Fraga, e defende que a ausência dos corpos dos jornalistas denotaria sequestro e não assassinato. O governo também anuncia a exoneração de Nascimento do cargo que ocupava e inicia o processo de expulsão dele na PMERJ.

O assassinato de Nascimento antes que possa depor na CPI chega a ser cogitado pelos políticos criminosos, mas o temor que isto desencadeie um escândalo ainda maior perto das eleições os fazem desistir da ideia. Contudo, conforme observa Nascimento, o que ele chama de "sistema" não tem exatamente uma gerência central. Rocha, temendo ver seu esquema criminoso ruir e ser o bode expiatório da CPI, pensa de forma diferente e independente dos políticos. E resolve atacar Nascimento, que, ao deixar o hospital, é monitorado pela milícia. A cena do início do filme então prossegue. Revela-se que os homens que aparecem atirando na retaguarda de Nascimento são auxiliares do coronel, que assim escapa do atentado. Ele posteriormente depõe na CPI presidida por Fraga, onde acusa toda a cúpula do governo do Estado do Rio de Janeiro.

Mesmo assim, o governador é reeleito, Guaracy elege-se deputado federal e apenas o deputado Fortunato foi efetivamente preso. Apesar da grande "queima de arquivos", a incluir Rocha, o sistema criminoso se manteve, agora sob novas lideranças.

Em reunião do Conselho de Ética da Câmara dos Deputados, Fraga (também eleito deputado feder