作品としては、それまでのペルソナシリーズから大きく異なる趣向で制作された『ペルソナ3』を踏襲した上で、新たな展開を目指した作品である。『ペルソナ3』とは同一世界上の2年後の出来事であると設定されており、作中には主人公らが学校行事の一環として、前作の舞台であった月光館学園を訪れる場面もある。一方で前作の内容を知らないプレイヤーでも楽しめる内容が意図されている。