3-6修正说明：
人类复权运动影响加了一条。PS：之前要是没看过就无视这条。
3.1妖怪山——红魔馆战争（138~140）
起因：
结界危机后的第一场战争，由妖怪山方面不满贤者放任科学在幻想乡的传播，而向红魔馆有意制造冲突，挑起幻想乡的紧张局势，来换取贤者在这方面的让步，最终由于SC决斗走火致使的一场战争。
发展过程：
妖怪山方面原计划逼迫贤者对妖怪科学做出让步来结束这场战争。尽管贤者初期不做任何回应的做法被妖怪山所猜到，但妖怪山却没有想到红魔馆方面会誓死抵抗。虽然战争后期红魔馆方面开发了灵力结晶来对抗妖怪山，但妖怪山的仍然对红魔馆有优势，其遇到的阻力更多是因为妖精的数量和复活。随着战争的进行，妖怪山认为即便获胜也无法阻挡科学的传播的大势，只会给自己造成过多的恶名，于是妖怪山的高层大天狗通过败给了博丽巫女而宣布停止战争。不过红魔馆方面因其巨大伤亡(妖怪山的四十多倍)仍然坚持让妖怪山赔款，妖怪山为是否赔款而产生矛盾，因为这意味着承认其战败，会对妖怪山产生不利影响，但最后仍然通过了要赔款的决定。而红魔馆后来考虑到会对幻想乡造成不利的影响，削减了部分赔款，不过这仍意味着妖怪山方战败了。
影响：
① 开启了战争解决问题的第一例，并引起了后续的一切战争，也是幻想乡秩序崩坏的开始。成功将大部分势力的注意力从贤者的改革转移到了战争之上，让改革能顺利进行。
② 博丽巫女在初期被打伤（时间线中），证明了力量差的减小所造成的巨大影响，也证明了集体组织化在这个新时代的巨大作用。
③ 天狗失去了其在妖怪山的领导地位，导致自尊受到严重打击，而大天狗层原以为靠着阶级制度能够压制自己国内的民粹势力，却令整个幻想乡意外的失败了，引发了后来的天狗革命。
④ 红魔馆的妖精为了胜利付出了远远超出一般异变时的伤亡，而原版计划通过妖怪山的赔款来安抚的计划随着赔偿的削减和天狗革命而失败，直接导致后来的妖精革命。
⑤ 神明的信仰问题没有解决，守矢神社和其他的八百万神明开始走向暴力扩张道路，加剧了幻想乡的不稳定。

3.2魔法之森战争（142~143）
起因：
魔法之森战争被认为是幻想乡下克上异变(辉针城)的延续，由于结界危机导致强者与弱者的力量差的缩小，让弱者战胜强者的可能大大增加。这次有了上次失败的经验，天邪鬼结盟拉拢了曾经在魔法之森地区强大的妖怪和部分崇尚变强的妖精们，以夺取原来的居住地为由，向南方的魔法使强者宣战。
发展过程：
由于地处敏感，博丽巫女也加入了这场战争。前期则因魔法使方面没有任何准备，导致其迅速溃败，博丽巫女直属部队加入后，逐渐维持住了一溃千里的情况，但大部分地区仍然被妖怪军所占领，无法做出有效地反攻。后来人间之里宣布加入了战争帮助博丽巫女 “维持职责”，开始收复失地，这让革命军士气受到巨大打击，尤其是天邪鬼的领导本身就不稳的情况下。
不过转机出现在人类为了报8年前结界危机刚发生时人里被袭击的仇，屠杀了妖怪革命军，这让其他妖怪势力引起巨大恐慌：一旦人类胜利，人里将会完全控制博丽，得到魔法使盟友并为自己崛起而正名，进而成为影响幻想乡的势力之一；但令一方面妖怪们也知道天邪鬼也是个非常恶劣的存在，想接人类之手彻底剿灭这个不稳定因素。但考虑到人类和妖怪之间的矛盾，其他妖怪势力利用她们在人里剩余的线人而向反动的妖怪革命军透露了人类一方作战情报，最终导致了天邪鬼一方的胜利。
影响：
① 天邪鬼的成功，证明了小妖怪在特殊环境下的强大集体力量，促进了幻想乡剩余小妖怪势力的形成与革命，成为幻想乡的不稳定因素。
② 妖精与①类似，但由于其无限复活性，成为幻想乡未来最强大和威胁最大的种族。
③ 从妖精部队中带出来的灵力结晶，在幻想乡各处的传播，妖怪的力量开始逐渐恢复，人类失去妖怪科学带来的爆发性优势，妖怪和人类的力量差大大缩小。
④ 由于魔法之森妖怪构成复杂，分裂独立的声音越来越多，而大多数魔法使本身只想静静地研究魔法，难以形成凝聚力，于是内部通过和北面的妖怪合并来停止这种奇怪的敌对的声音反而越来越多。因此在战前与魔法使协会合并的香霖公司认为魔法使社会会发生巨大变革，主动从其中脱离。
⑤ 围绕博丽巫女的秩序开始崩溃。
⑥ 人里早在之前已进行了将近4年的扩张作战，这场战争的失败，爆发了强烈的厌战情绪。
⑦ 结合③和⑥，以及人类在魔法之森的所做作为，乡内妖怪把注意力重新转移到人类身上，结束了内斗。

3.3人类复权运动（139~145）
起因：
由于结界危机，贤者为了保证妖怪的存在，开始了妖怪的改革，帮助人类在妖怪潜移默化地影响下发展出了解释妖怪力量的科学。尽管此时妖怪也同样开始接触这种科学，但却缺乏人类的凝聚力，再加上灵气和妖力的关系，更多妖怪把精力放在了争夺灵气之上，而人类靠着其强大的凝聚力大大发展，导致妖怪和人类出现了巨大的力量差。

发展过程：
在妖怪科学逐渐普及之后，人里的稗田政府开始减少妖怪对人里的控制，破解妖怪原来对人里各个方面的垄断，而此时妖怪却处于混战之中，无暇顾及自己在人类之中的影响力。导致除了医学仍被其他势力所控制以外，其他方面人类成功掌握大局。
随着妖怪山——红魔馆战争的发展， 稗田政府看到了博丽巫女在日益激烈的战争之中的无力，便有了控制博丽巫女的任命权的想法。于是以人类应当帮助博丽巫女和保障人里周边安全为由，开始了自己的对外扩张计划，与周边零散的妖怪发生了冲突，但人类轻易地取得了优势；同时在人里内部也进行了排外措施，大大打压了妖怪在人里的影响力。
后来，天邪鬼再度发动叛乱，向魔法之森进军，博丽由于职责也加入了战争，稗田政府看到了为人类复权正名的最大希望，打败恶名累累的天邪鬼，也加入了战争，在一系列内外因素影响之下，人类方战败。（见魔法之森内战）
最后，妖怪对人类在魔法之森所作所为感到愤怒，相互间的争斗暂时平息，大势力号召小妖怪组成联军，称人类已经严重威胁幻想乡，为妖怪的尊严而战，并提供支援装备，于是各方势力开始组成惩罚联军，向人里发动了进攻。由于鱼龙混杂，组织度极其低下，战斗力比较强的只有和人类打了几年局部冲突的周边妖怪，导致妖怪伤亡远超人类防御方，但人里由于魔法之森战争的损耗，内部各个方面已供应不足，妖怪方才逐渐将人类方压进旧人里周边。但由于人里与幻想乡的关系，仅占领了人里这几年的扩展区以及外部农田区，对旧人里采取了围而不攻的措施。长达一年的围城里，稗田政府觉得死战毫无意义，便宣布投降，5年多的人类复权运动终于结束。

影响：
① 小妖怪被凝聚力强大的人类所震惊，开始模仿人类社会，改变了妖怪的生活方式。当然也有在战后继续待在人里的妖怪。
② 促进了灵力结晶在幻想乡的传播，妖怪的力量大大地复苏，减少了妖怪间的争斗。同时因这几年战争的损耗，走向和周边和平共处的路线。
③ 激化了大小妖怪间的矛盾，小妖怪不再对大妖怪惟命是从，也不再为了所谓妖怪的尊严而去进行无益的流血，加剧了幻想乡的分裂。
④ 人里改组为民选政府，领导人仅能由人里居民产生，防止其他势力控制人里。
⑤ 原来的部分扩展区划为妖怪使馆区，由部分大势力和人类联合控制，促进人妖和平。
⑥ 人里在这几年连续作战，厌战情绪高涨，直接令其损失了将近一代的年轻人口，但也让在之前的异变之中那些对妖怪怀有强烈仇恨的人类参与战争死去，再加上自身数量过少，难以再度卷入幻想乡的冲突之中。
⑦ 让人类逐渐明白其在幻想乡的微妙地位。
⑧ 博丽巫女参与了最后的人类惩罚战争，但无力回天，成为幻想乡改革的最大牺牲品，失去维持秩序的力量，导致其成为花瓶的存在，因此贤者开始亲自干涉幻想乡的一切。