러시아 연방보안국의 기원은 소련의 정보기관이었던 국가보안위원회이다. 1991년 소련 붕괴 이후 국가보안위원회는 자연스럽게 각 공화국으로 이전되었고, 러시아 공화국에서는 국가보안위원회의 해외첩보를 담당하던 제1총국을 해외정보국으로 독립시킨 뒤 국내 보안을 담당하는 부서이던 제2총국을 연방방첩청(러시아어: Федеральная служба контрразведки, ФСК, FSK)으로 개편했다. 이후 연방방첩청은 1995년 현재의 이름인 연방보안국으로 바뀌면서 지금까지 이어지게 되었다.