動画を見返すと、既存のアイテムをレシピに組み込む際、専用の容器に入れないと自動で材料として使用してくれない、なので専用の容器を追加した、とありましたのでその辺りが影響しているのではないでしょうか？

報告ありがとうございます。
こちらで確認してみたところ、細魚のみフラグ設定の追加を忘れていたようなので、修正して更新しました。
専用容器の先取りが細魚のみならばこれで修正されると思います。

元日からmod更新お疲れ様です。動画とともに楽しませてもらっています。
細魚の件は、更新前の環境で現象を確認していないので、こちらでは修正確認はできませんでした。
修正確認は報告者の5121io様にお任せします。

更新したばかりのところで申し訳ないですが、便乗で1点不具合報告させていただきます。
地植えのグリーンリーフ畑の収穫物がグリーンフルーツになっています。
FCSでmodを開き、Type BUILDINGの各サイズのグリーンリーフ畑を見てみたところ、functionalityにグリーンリーフ農耕がありませんでした。
ローカルではここをグリーンリーフ農耕に変更して回避しています。(正しい修正方法かは分かっていません)
現状、問題は回避できているので、お手すきの時にでも修正していただけると助かります。

上記で回避していた問題が再発したことで、今回の更新およびこのスレッドに気づき、この場を借りて便乗報告させていただきました。
結果、五月雨の報告となり、お手数をおかけすることになりますが、ご容赦ください。

やってしまってたー！
報告ありがとうございます。
早速修正して更新しました。

ローカル変更したmodファイルを削除し、更新後のmodをダウンロードしたうえで、
ゲーム内で小さいグリーンリーフ畑、グリーンリーフ畑、大きいグリーンリーフ畑を建築したところ、いずれも収穫物がグリーンリーフになっていることを確認しました。
早々にご対応いただき、ありがとうございました！

修正ありがとうございます。専用容器に入れていたのが魚醤用の細魚だけだったので他のアイテムについては確認できていませんが、通常の食料容器に入っていたオムライスをキャラが手にしているのを確認しました。「専用容器以外から取らない」不具合は修正されたと思います。
グリーンリーフは元々水耕栽培だったので気づきませんでしたｗ
バックパックの非共有に関しては別案件ということですね。失礼しました。