Империя Альянса обширна и включает в себя неизвестное количество параллельных вселенных. Империя населена неизвестным количеством разумных существ. Неизвестно кто ей управляет в Столичном мире Альянса, но на Земле её правителем является доктор Уоллес Брин и Советники. Империя расширяется за счёт захвата новых миров и использования доминирующего вида так, как считает нужным. Манипулируя этими видами различными методами, включающими биотехнологии и имплантации. Продукты такой инженерии Альянса — синтеты, биомеханические организмы, выполняющие различные функции в пределах империи. Альянс также создаёт расы супер-солдат, однозначно адаптированных для конкретных условий завоёванных миров. Этот процесс приводит к очень мобильной и адаптивной военной силе, способной реагировать на любые угрозы и сокрушать любую оппозицию. Причины империализма Альянса остаются неизвестными на протяжении всей игры.